제약업계는 이번 조치는 바이오산업을 차세대 10대 성장동력산업의 하나로 선정한 정부의 의지를 의심케 하는 것으로 기업의 R&D투자와 기술개발의지를 약화시키는 것이라며 우려를 표명했다.
특히 외국으로부터 기술을 도입하는 취득금액에 대한 세액감면을 3년간 연장하고 외국인의 기술이전소득에 대해서는 일몰시한 없이 5년간 소득세와 법인세를 전액 면제하는 것과 비교할 때 기술이전소득 세액감면을 폐지하는 것은 형평성에 어긋난다고 주장했다.
전문가들은 또 조세의 부과와 감면의 정책적 목적이 국가생산력의 장기적 극대화라는 점을 감안하면 기술개발에 대한 조세지원이 확대되어야 하며 기술개발에 대한 지원은 종자돈 성격으로서 향후 거양할 수 있는 효과가 지대하다고 강조했다.
특히 제약업계는 10년간 1조원 이상을 투자해야 하는 신약개발사업의 특수성을 고려할 때 바이오산업 육성을 위해서는 강력한 R&D투자 유인정책이 필요하다며 1조원을 투자해 30∼40조원의 수입을 올리는 신약개발의 고부가가치성을 감안, 연구개발에 대한 세금감면범위 확대를 강력 요청하고 있다.