대한의사협회(회장 최대집)가 의정협의체의 명칭과 구성, 논의 주제 변경에 대해 강한 유감을 나타내고 참여를 거부했다. 의협은 "코로나19 감염병 위기 상황을 대처하기 위한 협의체를 보건의료체계의 문제점에 대해 논의하는 협의체로 개편한 것은 납득하기 어렵다"고 지적했다.

의협에 따르면 10월 27일 열린 코로나19 대응 의약단체 실무협의체 16차 회의에서 보건의료발전협의체로 확대 개편하겠다고 밝혔다. 보건의료발전협의체는 지난 8월 의협과 복지부가 4대악 의료정책 및 각종 현안에 대해 논의하는 의정협의체다. 

의협은 복지부의 협의체 개편에 대해 "다른 의약단체들을 포함하는 협의체를 만들어 의협과의 일대일 논의구조를 피하고 정부의 권한과 영향력을 통해 각 단체를 움직여 원하는 결과를 얻어내기 위한 협잡"이라고 일갈했다.

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