감별질환으로는 발치 후 농양, 인후농양, 부인두간극 농양 등이 있다. 이것들은 발치의 기왕, 인두후벽의 발적종양, 구개편도의 돌출 상태로 감별이 가능하다.
편도주변농양에서는 화상진단은 반드시 필요하지 않다. 그러나 고도의 편도염, 악성종양이 의심될 때에는 우선 CT로 판단한다. 이 경우는 단순X선 사진은 부인두간극종양을 합병할 때 외에는 의미가 없다고 한다.
CT에 대해 소에노씨는 『편도주변간극에 국한하는 경우에는 반드시 필요하진 않지만, 편도주변염이나 농양의 진전범위를 상세하게 아는데는 유용하고 또 농양의 절개 배농경로를 판단하는데 도움이 되거나 특히 주변간극에 대한 염증의 파급이 의심되는 증례에도 유용하다』고 지적한다.
MRI는 점막과 저류액, 염증이나 농양과 종창 등의 연부조직 감별에 우수하지만 CT로 충분히 진단할 수 있고 반드시 필요한 검사가 아니라고 한다.
초음파검사는 다른 심경부농양에서는 유용한 검사로 알려져이다. 그는 『최근에는 구강내에 삽입가능한 프로브도 개발돼 있어 편도주변농양의 진단과 치료에도 응용되고 있다』고 설명한다.