일반적으로 SSRI에 의한 치료는 태아에 미치는 영향이 실보다 득이 더 많을 경우에만 계속 해야 하지만 한편으로 다른 치료제로 변경함으로써 발생하는 편익과 위험을 고려하여 치료를 중지하는 경우도 있을 수 있다.
우울증의 치료에 처방되는 SSRI 등의 새로운 항우울제로는 Bupropion(웰부트린, GSK社) citalopram(Celexa 셀렉사, 룬드벡社), fluoxetine(푸로작 일라이릴리社), 플루복사민, mirtazapine(레메론, 오가논社), paroxetine(세로자트, GSK社), sertraline(졸로푸트, 화이자社), Venlafaxine(이펙사, 와이어스社) 등이 있다.
New England Journal of Medicine (2006;354:579-587)에 발표된 최근 연구에 의하면 임신 후기의 SSRI사용과 신생아 지연성 폐고혈압증에 관련이 나타났다.
이 연구에 의하면 이들 신생아는 건강한 신생아에 비해 SSRI에 노출됐을 가능성이 6배 높다. 캐나다 보건당국은 임신 중에 SSRI 등의 새로운 항우울제에 노출된 소아는 출생시에 중도의 합병증을 발병하는 것으로 보고 있으며 전반적인 중도의 출생이상 위험의 증가 역시 SSRI 사용과 관련이 있다고 설명하고 있다.