국립중앙의료원 직원의 청렴도와 업무 만족도가 매우 낮은 것으로 나타났다.국립중앙의료원이 국민의당 최도자의원에게 제출한 국정감사 자료에 따르면 최근 3년간(2014년~2016년) 국립중앙의료원 종합청렴도는 매년 1계단씩 하락했으며, 내부청렴도는 29개 의료원 중 2년 연속 꼴찌를 기록했다.이 결과는 국민권익위원회가 매년 실시하는 공공의료기관 청렴도 측정 조사에서 확인됐다. 이에 따르면 물품수수 직간접 경험(1.06점), 진료비의 허위·부당청구 경험(1.40점), 연고주의에 의한 인사관리(4.14점) 등이 다른 의료원에 비해 매우 낮은 수준이다. 내부 고객만족도 조사에서도 대부분의 지표는 하락했며, 특히 인사관리 만족도는 2014년에 비해 크게 낮아졌다.현재 국립중앙의료원의 감사업무는 감사
4대 중증질환 보장 강화계획이 실시됐지만 보장률은 제도 시행 이전과 차이가 없어 정부 지출만 늘리고 있다는 지적이 나왔다.4대 중증질환 보장 강화계획은 환자의 부담을 덜어주기 위해 2013년 6월부터 2016년까지 암, 뇌혈관질환, 심장질환, 희귀난치성 질환 환자가 전액 지불하던 비급여 치료 항목 628개에 건강보험을 적용해왔다.국민건강보험공단이 국민의당 최도자의원에 제출한 자료에 따르면 2013년 25항목, 2014년 100항목, 2015년 258항목에 대해 급여화가 실시됐으며, 이에 따른 공단부담금은 2013년 328억원, 2014년 3,043억원, 2015년 6,267억원으로 매년 증가했다.하지만 전체 보장률은 77.7%로 2013년에 비해 0.2% 증가하는데 그친 것으로 나타났다